Haydns originellste Kompositionen bilden die Gesänge für Männerchor und die deutschsprachige Kirchenmusik. Diese verstand sich als Gegenpol zur eher opernhaft geprägten Tradition und sollte einer Intensivierung der Volksfrömmigkeit dienen. Haydn komponierte zahlreiche deutsche Messvertonungen in homophonem, vergleichsweise einfachem Stil. Bis in die heutige Zeit verbreitet ist das Deutsche Hochamt „Hier liegt vor deiner Majestät“.

Mess- und Requiem-Vertonungen
„Welche Kunst in seinen Kirchenmusiken herrsche, kann man daraus abnehmen, daß sein Bruder und Mozart ihm die Meisterschaft in dieser Gattung zuerkannten“ schreibt Gerbert in seinem Historisch-bibliographischen Lexikon 1812-1814. Von seinen Zeitgenossen wurde Michael Haydn als „der“ Komponist geistlicher Musik bekannt, Mozart galt als Operkomponist und Joseph Haydn als Sinfoniker. „Ganz gegen seinen Geschmack (wie er mir selber sagte)“ schreibt Sigismund Ritter von Neukomm an den Verleger Kühnel nach Leipzig hat Haydn die Kirchenmusik, zu „seinem Genre“. Über dreissig Messen hat Haydn geschrieben, die Trintatis-Messe MH 1 aus dem Jahr 1754 (vermutlich für die Weihe der Kathedrale in Temesvar geschrieben) ist sein erstes überliefertes Werk, am Ende seines Schaffens steht ein unvollendets Requiem. Stilistisch gelingt Haydn in seiner liturgischen Musik eine organische Mischung aus Kontrapunkt und liedhafter Melodik, eine besondere Vorliebe Haydns ist die Verarbeitung von Themenzitaten aus dem Choral. Festlicher Bläserklang in barocker Manier und diffizile Begleitfiguren in den Streicher stehen als Charakteristik für die Orchestrierung seiner Messen, die wegen des damaligen Gebrauches der ventillosen Naturtrompeten zum überwiegenden Teil in C-Dur stehen. 

Bei der musikalischen Ausdeutung des liturgischen Textes folgte Haydn der Tradition phantasievoller Allegoresen, die alle Einzelheiten der Messe mit Ereignissen aus dem Leben Jesu in Verbindung brachten. Ähnlich wie bei den vielen Messandachten kam der Kirchenmusik nach Meinung der Theologen damaliger Zeit die Aufgabe zu, bei den gläubigen Laien ein vertieftes Verständnis der Messe als Mittelpunkt des religiösen Lebens auszuprägen. Die auf das Mitgefühl ausgerichtete Religiosität des ausgehenden 18. Jahrhunderts benötigte eine „musikalische Malerei“, mit der das emotionale Erleben von Rührung und Erschütterung bei den Andächtigen erweckt werden konnte. Haydns kirchenmusikalischer Stil wird in der „Biographischen Skizze“ (1808, Reprint Stuttgart 2006) in romantisch verklärender Weise charakterisiert: „Bey seinem gewissenhaften Streben, den Geist des Stoffes in der Musik in verklärter Form wieder zu gebähren, gelang es ihm immer, aus dem Wenigen viel, und aus dem Vielen Alles zu machen, immer und über all die Herzen zu Gott zu erheben, heilige Gefühle zu erregen, und selbst das unheilige rohere Herz in religiöse Andacht aufzuschmelzen“.


Missa Sancti Gabrielis MH 17, C-Dur
Bereits zu Haydns Lebzeiten fand seine Gabriels-Messe weite Verbreitung. Gründe dafür sind in der Kürze der Messe und in ihrer leichten Aufführbarkeit, vergleichbar mit der Spatzenmesse und der Orgelsolomesse von Mozart, zu finden. Zusammen mit den beiden anderen Englesmessen Haydns, der „Missa sub titulo Sancti Michaelis“ und der „Missa inn honorem Sancti Raphaelis“, ist sie bereits vor 1760 entstanden, allerdings mit der Polytextur in Gloria (21 Takte) und Credo (27 Takte). 1768 hat Haydn in einer Zweitfassung die Gleichzeitigkeit der unterschiedlichen Texte aufgelöst und die beiden Sätze unter Verwendung des ursprünglichen thematischen Materials erweitert. Die Gabriels-Messe verkörpert den Typus der Missa brevis et solemnis, der kurzen und feierlichen Messe unter Verwendung von Trompeten und Pauken, wie er in der Salzburger Tradition besonders von Hofkapellmeister Johann Ernst Eberlin gepflegt wurde und in späteren Jahren von W. A. Mozart übernommen wurde. 

Requiem MH 155, c-moll (Schrattenbach-Requiem)
Das Requiem in c MH 155 schrieb Johann Michael Haydn im Dezember 1771 für die Begräbnisfeierlichkeiten anläßlich des Todes seines Dienstherrn, Erzbischof Sigismund Christoph Graf Schrattenbach, einem im Volk sehr beliebten Landesfürsten und großen Freund und Mäzen der Künste. Die Missa pro Defuncto Archiepiscopo Sigismundo repräsentiert Haydns erste große kirchenmusikalische Komposition für den Salzburger Hof und entstand wohl auch unter dem Eindruck der persönlichen Trauer, denn Haydns einziges Kindes, Aloisia Josepha, verstarb am 27. Januar 1771 noch vor Vollendung des ersten Lebensjahres. Diesen Verlust konnte Haydn sein Leben lang nicht überwinden Auf den 16jährigen W. A. Mozart, Vater und Sohn Mozart wirkten bei der ersten Aufführung mit, hat das „Schrattenbach-Requiem“ einen nachhaltigen Eindruck gemacht, denn Haydns Vorbild ist in Mozarts unvollendet gebliebenem Requiem KV 626, gerade was Satzanlage und Themenfindung anbelangt, nicht zu verkennen. Das Schrattenbach Requiem wird in der Biographischen Skizze von 1808 als „kunstvoll, rührend“ und „beliebt“ bezeichnet, was vermuten lässt, dass es in den nachfolgenden Jahrzehnten noch öfters in Salzburger erklungen ist. Auch am Wiener Kaiserhof war das Werk bekannt, denn Kaiserin Marie Therese kam darauf bei der Haydn gewährten Audienz im Jahr 1801 zu sprechen: „O ich kenne einige ihrer Compositionen, besonders ihr Requiem, recht gut, und liebe sie“ (Biographische Skizze). 

Missa Sancti Amandi MH 229, C-Dur (Lambacher-Messe; Fieber-Messe)
Die „Missa Sancti Amandi“ entstand als Auftragswerk des Benediktinerstiftes Lambach zum 30jährigen Amtsjubiläum von Abt Amand Schickmayr (1716-1794). Am 4. September 1776 beendete Haydn die Reinschrift und reiste Mitte Oktober nach Lambach um dort die Uraufführung seines Werkes am 25. Oktober selbst zu dirigieren. Dem Anlass entsprechend schuf Haydn eine festliche Messe „in pieno“, also in der Besetzung für Chor und Orchester unter Aussparung der Vokalsolisten. Wie bei seiner „Missa Sancti Joannis Nepomuceni“ (1772) und dem Schrattenbach-Requiem (1771) sind im Orchester vier Trompeten vorgesehen, womit die barocke Tradition des festlichen Bläserklanges aufgenommen wird. Dem homophon gearbeitetem Vokalsatz ist ein lyrisch liedhafter Charakter eigen. Bis auf einen kurzen Fugato-Abschnitt im Kyrie verzichtet Haydn auf die kontrapunktische Arbeit, was der durchgehend Verständlichkeit des liturgischen Texte entgegen kommt. Das sehr dicht gearbeitete Werk ist von kammermusikalischer Durchsichtigkeit bestimmt. Den Beinamen Fiebermesse erhielt die Messe deshalb, weil Haydn während der Komposition angeblich an Fieberschüben litt. 

Missa Sancti Hieronymi MH 254, C-Dur 
Schon auf Grund ihrer Besetzung für vier Singstimmen, vier Oboen, zwei Fagotte, drei Posaunen und Bassi nimmt die Missa Sancti Hieronymi sowohl unter den Messvertonungen Johann Michael Haydns als auch im kirchenmusikalischen Repertoire des Salzburger Fürstenhofes eine Sonderstellung ein. Haydn beendete die Komposition am 14. September 1777, erstmals öffentlich erklang sie zum Hochamt am Fest Allerheiligen im Salzburger Dom am 1. November des gleichen Jahres. Leopold Mozart, der trotz aller aus einer Konkurrenzsituation erklärbaren Vorbehalte seinen Salzburger Berufskollegen schätzte, berichtet seinem Sohn in einem Brief nach Mannheim ausführlich und wertschätzend über die von Haydn selbst geleitetet Aufführung.
Ein persönlicher Auftrag Colloredos scheint wahrscheinlich, wofür die Namensgebung zu Ehren des Heiligen Hieronymus, dem Namenspatron des Erzbischofs wird, spricht. Haydn begann mit der Komposition der Hieronymus-Messe zur gleichen Zeit als Mozart im August 1777 seine Dienstentlassung bei Erzbischof erbat. Versuchte Mozart in den Messvertonungen dieser Jahre die Vorgaben des Erzbischofs, dass eine Messe „ mit Kyrie, Gloria, Credo, der Epistelsonate, dem Offertorium oder der Motette, dem Sanctus und Agnus Dei, und und sei es auch die feierlichste, wenn der Fürst selber zelebriert, nicht mehr als höchstens drei Viertelstunden dauern darf,“ zu berücksichtigen, steht Haydns „Oboen-Messe“ im deutlichen Gegensatz zu diesen Bestimmungen. Die Eigenständigkeit in der instrumentalen Besetzung, die kontrapunktische Arbeit in den fugierten Teilen, die melodische Erfindung und harmonische Ausarbeitung weisen die Hieronymus-Messe als ein Meisterwerk aus. 


Missa in honorem Sancti Dominici MH 419, C-Dur (Messa della Benedicenza)
Für das Salzburger Benediktinerstift St. Peter, mit dessen Konventualen Haydn in freundschaftlicher Verbindung stand, auch bewohnte er ein Haus des Stiftes, entstanden eine Vielzahl von kirchenmusikalischen Werken, so mehrere Festkantaten und Gradual-Vertonungen. Für die Weihe von P. Dominicus Hagenauer OSB (1746-1811) im Februar 1786 zum Abt des Stiftes, stellte sich Haydn mit seiner „Dominicus-Messe“ ein. Bereits zur Priesterweihe im Oktober 1769 erhielt Hagenauer ein musikalisches Präsent überreicht: W. A. Mozart widmete seinem Jugendfreund die großangelegte „Dominicus-Messe“ KV 66. Haydn verzichtet in dieser Messe auf fugierte Teile, der liturgische Text wird einer „Missa brevis et solemnis“ entsprechend prägnant vertont, wobei eine volkstümlich Melodik dominiert. Auffällig ist die wiederholte Führung der Solostimmen in Terzparalellen, wie auch die Übernahme des Schlussteiles des Glorias im Credo einen... 

Missa in honorem Sancti Gotthardi MH 530, C-Dur 
Der von Haydns Schüler P. Martin Bischofreiter handgeschriebene Musikalienkatalog der Erzabtei St. Peter gibt den Hinweis, dass Haydn im Jahr 1792 die Missa in honorem Sti. Gotthardi für die Benediktinerabtei Admont in der Steiermark komponiert hat. Abt Gotthard Kuglmayr mag den Auftrag gegeben haben und der Widmungsträger der Messe sein. Kuglmayr, der 1788 bis 1818 dem Stift vorstand, war ein grosser Liebhaber der Musik und spielte selbst Violoncello. beschwingt, Trompeten in barocker Manier eingesetzt, keine Fugen, liedhafte Melodik, 

Missa in honorem Sanctae Ursulae MH 546, C-Dur (Chiemsee-Messe)
Unter den über dreißig Vertonungen des lateinischen Ordinariumstextes Haydns nimmt die Missa in honorem Sanctae Ursulae eine Sonderstellung ein, sie kann als die „mozartscheste“ seiner Messen bezeichnet werden. In der liedhaften Melodik, der Einheit des motivischen Materials und dem ausgewogenen Zusammenklang von festlichen und verinnerlichten Abschnitten zählt die Messe zu Haydns gelungensten und inspiriertesten Werken. 
Die Komposition der Chiemsee-Messe fällt in eine überaus fruchtbare Periode von Haydns Schaffen, die für den Zeitraum von 1782 bis 1795 angegeben werden kann. Eine Eintragung am Ende des Autographs gibt mit 5. August 1793 das Datum der Fertigstellung an. Durch einen Vermerk auf einer Partiturabschrift des Salzburger Musikverleger Benedikt Hacker (1769-1829), einem Freund und Schüler Michael Haydns, konnte die Namensgebung geklärt werden: „Michael Haydn schrieb diese Messe zum Namenstage einer Klosterfrau zu Kloster Frauenwörth im Chiemsee Sebastiana Oswald, auf die er sehr viel hielt.“ Sie war eine der begabtesten Musikerinnen unter den Frauenwörther Chorfrauen, eine ausgezeichnete Geigerin und Sängerin. 

Wann Michael Haydns Messe zum ersten Mal auf Frauenchiemsee erklang, ob zur ewigen Profess von M. Sebastiana am 19. August 1793 oder zu ihrem Namenstag am 21. Oktober, kann letztlich nicht geklärt werden. Wahrscheinlich war J. Michael Haydn, der die beiden Inselklöster Frauen- und Herrenchiemsee gerne besuchte, aber selbst bei der Aufführung seiner Chiemsee-Messe anwesend
Selten ist in der klassischen Kirchenmusik die Anweisung „con sordino“ für die Verwendung eines Dämpfers in den Violinen anzutreffen. J. Michael Haydn schreibt in der Missa in honorem Sanctae Ursulae an drei Stellen den gedämpften Klang der Streicherstimmen vor: beim „Qui tollis“ des Glorias, dem „Et incarnatus est“ im Credo und am Beginn des Agnus Dei. Die dunklere Klangfarbe steht in diesen Teilen für eine verinnerlichte Grundhaltung der musikalischen Textdeutung..


Deutsches Hochamt MH 560, C-Dur 
J. M. Haydns deutschsprachige Kirchenmusik entstand im geistigen Umfeld der innerkirchlichen Reformen der „katholischen Aufklärung“, die in Salzburg durch Fürsterzbischof Hieronymus Graf Colloredo (1732–1812) vorangetrieben wurden. Anstelle des barocken Prunks schrieb Colloredo für den Gottesdienst Einfachheit und Klarheit vor. Anstelle des lateinischen Gesanges führte Colloredo mit seinem berühmten Hirtenbrief aus dem Jahr 1782 verpflichtend für alle Stadt- und Landkirchen, in denen kein lateinisches Stundengebet gehalten wurde, den deutschen Kirchengesang ein, denn „nebst der Bibel sind gute Kirchenlieder in der Muttersprache eines der fürtrefflichsten Mittel, den öffentlichen Gottesdienst erbaulich und zur Erweckung religiöser Gefühle beförderlich zu machen“.

Bereits 1781 war auf Colloredos Veranlassung das erste Salzburger Diözesangesangbuch Der heilige Gesang zum Gottesdienste in der römisch-katholischen Kirche erschienen, wofür das Landshuter Gesangbuch (1777) von Franz Xaver Kohlbrenner (1728–1783, Hofkammerrat in München) im Wesentlichen übernommen wurde. Die Einführung dieser Kirchenlieder stieß allerdings auf große Widerstände, da sie zu schwierig waren. Für einen Neudruck des Gesangbuches wurde Haydn mit der Überarbeitung der ariosen, zu hoch und zu kunstvoll gesetzten Lieder beauftragt, sodass 1790 eine „neue vom Hn. Michael Haydn hochfürstlich Concertmeister, vermehrte und verbesserte Auflage“ erscheinen konnte.

Dem Landshuter Gesangbuch ist der Text der Deutschen Singmesse „Hier liegt vor deiner Majestät“ entnommen, den Kohlbrennner unter Verwendung älterer Vorlagen gedichtet hatte. Haydns Vertonung, bekannt als als Deutsches Hochamt MH 560, gilt als musikalischer Inbegriff des süddeutsch-österreichischen Katholizismus. Die Erstausgabe erschien 1800 beim Wiener Musikverleger und Chorregent an der Wiener Waisenhauskirche Ignaz Sauer (1759–1833) unter dem Titel Deutsches Hochamt mit den gewöhnlichen vier Singstimmen und der Orgel wie dasselbe von den Zöglingen des k. k. Waisenhauses in Wien gesungen wird, in Musik gesetzt von Michael Haydn. Ein Autograph ist nicht erhalten; es kann jedoch angenommen werden, dass Haydn ursprünglich nur eine Orgelstimme notiert hat, die im oberen System zwei Singstimmen mit Textunterlegung und im unteren System einen bezifferten Bass enthielt. Die gedruckte Erweiterung auf vier Singstimmen geht auf die Verleger Sauer und Haslinger zurück. 1827 erschien bei Haslinger in Wien eine als „zweyte Auflage“ bezeichnete Neuausgabe der Messe, die sich in den Singstimmen und der Orgelbegleitung nur geringfügig vom Erstdruck unterscheidet und als zusätzliche Ausführungsmöglichkeit eine mehrstimmige Instrumentalbesetzung mit Orgel ad libitum anbietet. 

Missa Sancti Leopoldi MH 837, G-Dur
Das letzte vollendete Werk Johann Michael Haydns, die Missa sub titulo Sti. Leopoldi entstand für die Salzburger Kapellknaben, mit denen er sich innig verbunden fühlte, erhielt er doch seine eigene musikalische Ausbildung ebenfalls in einem Sängerknaben-Institut. Die Leopold-Messe am 22. Dezember des Jahres 1805 erst kurz vor dem Festtag der Sängerknaben vollendet. Sie „entspricht ganz den Kräften der hofnungsvollen Zöglinge“, die er „durch seinen heiteren Sinn ... mit sanfter Liebesgewalt an sich fesselte“. Haydn greift in der Leopoldi-Messe die Tradition der „Orgelsolo-Messe“ auf und setzt im Benedictus die Orgel solistisch ein.

Die Namensgebung der Messe ist mit den politischen Umwälzungen in Salzburg in den Dezembertagen des Jahres 1805 in Verbindung zu bringen. Das Land verlor 1803 seine Selbstständigkeit und wurde dem österreichischen Kaiserreich eingegliedert. Der Babenberger Markgraf Leopold III (um1075 – 1136), auch „der Fromme“ genannt, wurde 1485 heilig gesprochen und 1663 zum Landespatron von Österreich ob und unter der Enns erklärt. Vielleicht wollte Haydn, der selbst aus dem niederösterreichischen Raum stammt, mit seiner letzten Messe dem Hl. Leopold eine Devotionaliengabe widmen und damit um den Schutz für das nunmehr österreichische Salzburg bitten. Zugleich mag sich Haydn an seine eigene Kindheit erinnert haben. Als Kapellknabe zu St. Stephan in Wien war dem jungen Sänger der Hl. Leopold vertraut geworden, denn der kaiserliche Hof pflegte das Namensfest des Heiligen unter Mitwirkung der kaiserlichen Hofkapelle im Chorherrenstift Klosterneuburg, dessen Gründer Leopold war und wo sich auch sein Grab befindet, feierlich zu begehen. 

Requiem MH 838, B-Dur 
Ebenso wie die Thersienmesse und die Franziskusmesse entstand Haydns zweite und unvollendet gebliebene Vertonung des liturgischen Textes der Totenmesse für das habsburgische Herrscherhaus in Wien, von Kaiserin Marie Therese (1772-1807) in Auftrag gegeben. Ein konkreter Anlass ist allerdings nicht bekannt. Seinem vertrauten Freund P. Werigand Rettensteiner berichtete Haydn am 9. Februar 1805 in einem, dass vom Wiener Kaiserhaus ein „solemnes Requiem und Libera“ bestellt wurde und fügt an: „Gott gebe mir die Gande dazu; denn sine tuo Nomine nihil est in homine“. Haydn kränkelte bereits seit längerer Zeit und es befiehl ihn, „wie den unsterblichen Mozart“, die Vorahnung, „er schriebe dieses Werk zu seiner eigenen Todesfeyer“, wovon er „deutlich und oft vor seinen Freunden sprach“. Trotz der „reifen Vorbereitungen und durchdachten Vorstudien“ hinderte die angegriffene und geschwächte Gesundheit Haydn am kompositorischen Fortgang. 

In klarer Reinschrift konnte Haydn die beiden Anfangssätze Requiem und Kyrie vollenden. Die Sequenz „Dies irae“ bricht auf Seite 44 des Manuskriptes, auf der noch ein Takt in allen Notensystemen notiert ist, bei den Worten „unde mundus judicetur“ ab. Haydn dürfte zu weiteren Sätzen bereits Vorstudien1 angefertigt haben, wie der „Biographischen Skizze“ zu entnehmen ist: „Hiermit führte er den Freund ans Clavier, zeigte ihm die Skizze von der Fug im Kyrie, und gab ihm einen beyläufigen Vorgeschmack, wie er z. B. das Tuba mirum spargens sonum, - Mors stubepit et natura, - in der Sequenz, und im Offertorium das Facias Domine de morte transire ad vitam (welches im älteren Requiem schon lebendig ausgedrückt ist) bearbeiten wolle“. 

Erstmals erklungen ist Haydns Requiem-Fragment in B-Dur MH 838, laut Daniel Schubart steht die Tonart für „Hoffnung, Hinsehnen nach einer bessern Welt“, bei seiner eigenen Seelenmesse am 13. August 1806 in der Stiftskirche St. Peter, wobei der Torso ab dem „Dies irae“ mit den Sätzen aus dem „Schrattenbach-Requiem“ Haydns. Reagiert Mozart in seinem Requiem auf Haydns „Schrattenbach-Requiem“ so zeigt sich Haydns Requiemvertonung aus dem Jahr 1806 wiederum von Mozarts Requiem beeinflusst (vgl. die Doppelfuge im Kyrie). Allen drei Vertongungen ist gemeinsam, dass die Tradition des Psalmtons bei der Vertonung des Introitusverses „Te decet hymnus“ aufgegriffen wird.

Mit der Befürchtung: „Ein Requiem hat er angefang(en), das wohl auch niemand nach ihm wird vollenden wollen“ sollte Sigismund Ritter von Neukomm, nicht recht behalten, denn P. Gunther Kronecker, der im oberösterreichischen Benediktinerstift Kremsmünster als Regens chori wirkte, konnte im Jahr 1839 seine Komplettierung von Haydns Requiem-Fragmentes fertigstellen. Konnte Franz Xaver Süssmayr bei der Fertigstellung des Mozartschen Requiem-Fragmentes auf konzeptionelle Ideen und Skizzen des Meisters zurückgreifen, so führte Kronecker „das Werk in Haydns Geist und Stil, dem Gunther ja verwandt war, weiter“ (Altmann Kellner). Kronecker nimmt dabei in der formalen Anlage und der Themenfindung (bis hin zur wörtlichen Übernahme von Themenzitaten im „Recordare“ und im „Domine Jesu“) deutlich Bezug auf Haydns „Schrattenbach-Requiem“, auf das Requiem W. A. Mozarts und das um 1793 in Wien entstandene Requiem des Kremsmünsterer Benediktinerpaters Georg Pasterwiz (1730-1803), das in der eigenhändigen Abschrift Michael Haydns erhalten ist und bis in die jüngste Zeit für ein Werk Haydns gehalten wurde. Durch die Übernahme der Kyrie-Doppelfuge für das „Cum sanctis tuis“ am Schluß des Requiems erreicht Kronecker, ebenso wie Süssmayr beim Requiem Mozarts, eine in sich geschlossene Form. In der harmonischen Ausarbeitung erweist sich Kronecker als ein Komponist des musikalischen Biedermeiers, stark beeinflusst von Franz Schubert, mit dem er während seines Studiums in Wien in Kontakt stand. 

Bearbeitung von Joseph Haydns Missa Sancti Joannis de Deo („Kleine Orgelsolomesse“)
Mit 16. Juli 1795 ist eine Bearbeitung zum Gloria (MH 596) von Joseph Haydns „Kleiner Orgelsolomesse“ datiert. Michael Haydn löst die Polytextur des Originals auf und verlängert den Satz unter Verwendung des thematischen Materials auf 119 Takte. Zusätzlich werden in dieser Fassung für alle teilezwei Trompeten einbezogen. Vermutlich gehen die im damals zu Salzburg gehörigen oberbayerischen Kollegiatsstift Tittmoning erhaltenen Trompetenstimmen zu den restlichen Sätzen der Messe ebenfalls auf Michael Haydn zurück, wofür deren gekonnte Setzung spricht.

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